紧接着大副的是二副，军衔为上校。二副在战舰上负责雷达的操控，与大副一样直接听命于舰长，于雷达班一起负责对战场的扫描，通讯卫星的操控设定，战场定位探针的操控与回收。
每一位舰长都会配备一名副官，副官的职责与参谋基本一致，回归收集的战场资料进行整理分析，但是与参谋不同的是，在巡洋舰以上级别战舰上，副官是舰长离职之后第一顺位者，军衔一般为大校但是却有着S级的权限。
除此之外，战舰上会分为八个独立的部门，它们分别是，武器控制，战场救援，医疗卫生，舰体抢修，应急处理，后勤补给，空间作战部队，跃迁引擎小组。每一个部门的最高长官叫做总长，每一位总长都有着上校的军衔，而且每一位总长并不会互相干涉，听名于舰长副舰长与舰长副官。
武器控制部，设置于“雅典娜”装甲的保护之后，直接接受从舰桥传出的舰内指令，队对战舰上的近防武器进行人工操控。
战场救援部，通常是为了救援即将被击沉的其他战舰而设置的，要求在战舰沉默后五分钟内将所有遇险者所乘坐的逃生舱打捞完毕。
医疗卫生，对舰内的生存情况全权负责，防止舰内以为各种原因发生疫情，同时对作战中受伤的舰员进行医治，对死者进行收殓。
舰体抢修部，在战舰撞击被击穿之后，由舰体抢修部派出舰体抢修小组对损伤进行评估，之后就定时进行修复还是暂不修复做出气密处理。
应急处理部，对战舰内部被入侵做出应急处理，入侵包括登舰入侵与电子战入侵。
后勤补给部，对战斗时所产生的武器弹药消耗进行补给，全权负责舰内全部的弹药升降机与弹药运输通道。
空间作战部队，在指挥阶级做出登舰作战或是夺舰作战时，空间作战部队将会以班的形势出动，每班平均有六名机动步兵，四名步枪手分其中一名担任爆破专家一名担任通讯兵，一名狙击手外加上一名近战突击兵。
跃迁引擎小组，与中微粒子跃迁引擎设置在战舰的后端，外面包裹着一层“雅典娜”装甲板与十层超密度复合金属装甲板外加一层钛合金战斗装甲板，接受来自与舰桥的指令，在跃迁引擎控制室中对跃迁引擎进行操控。
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